（一）細菌 絕大多數（95％以上）的醫院內感染為細菌所致，其中60％～65％為革蘭陰性桿菌，主要為大腸桿菌、肺炎桿菌、變形桿菌等腸桿菌科細菌、綠膿桿菌和不動桿菌屬，聚團腸桿菌污染輸液后引起敗血癥的情況近年來時有報道。新生兒病房，鼠傷寒桿菌及痢疾桿菌感染的暴發流行也偶有發生。引起醫院內感染的病原菌常對多種抗菌藥物耐藥。

　　*（金葡菌）、表皮葡萄球菌（表葡菌）等凝固酶陰性葡萄球菌和腸球菌是醫院內感染常見的革蘭陽性球菌。金葡菌耐藥性仍很嚴重，目前臨床上產*酶的菌株達90％以上，耐*金葡菌也日益增多，在一些大醫院中可占葡萄球菌臨床分離株的60％或以上，并可在醫院某些病區造成爆發流行。在留置靜脈導管、靜脈導管及腦室*病人中以表葡菌較為常見，呈上升趨勢，表葡菌亦可引起骨科人工裝置、人工*等的感染。腸球菌主要引起尿路感染和傷口感染，近年來隨著*類的廣泛應用，各種腸球菌感染有增多趨勢。B組溶血性鏈球菌為新生兒腦膜炎和敗血癥的主要致病菌，A組溶血性鏈球菌可引起術后傷口感染。

　　嗜肺軍團菌和其它軍團菌屬為醫院內肺部感染常見病原菌。據報道嗜肺軍團菌肺炎的發病率約占醫院內獲得性肺炎的3～10％。生長較快的分支桿菌，如鳥分支桿菌（Mavium）、龜分支桿菌（M．chelonei）和偶然分支桿菌（M．fortuitum）等可在心臟手術后造成胸骨骨髓炎、心包炎和心內膜炎，以及其它*傷口感染和肌肉注射引起的感染。胎兒彎曲桿菌為腹瀉的致病菌之一。

　　類桿菌為厭氧菌感染zui常見的病原菌，可引起胃腸道和婦科手術后的腹腔和盆腔感染，梭桿菌屬、消化球菌和放線菌屬等可引起口腔及呼吸系統的感染，如吸入性肺炎、壞死性肺炎、肺膿腫、膿胸等。由類桿菌、丙酸桿菌所致的敗血癥和心內膜炎并非少見。抗生素應用后發生的腸炎系由難辨梭菌所致，后者可在醫院內散播。

 

　　（二）真菌 念珠菌、曲菌和某些其它條件致病性真菌為二重感染的常見致病菌，多發生于應用抗生素和皮質激素的病人以及粒細胞減少患者。念珠菌屬中80％為白色念珠菌，近年來熱帶念珠菌、克柔念珠菌有增多趨勢。念珠菌除為醫院內肺部感染和消化道感染的病原菌外，也可在靜脈保留插管時引起敗血癥和免疫缺陷病人造成粘膜皮膚念珠菌病。曲菌為急性非淋巴細胞白血病病人感染中常見致病菌之一，曲菌肺部感染亦并非少見。此外在免疫缺陷病人中隱球菌性腦膜炎也可發生。由于繃帶和筒形石膏污染可造成根霉菌和曲菌蜂窩織炎。

 

　　（三）病毒 病毒也是醫院內感染的重要病原體。常見的病毒性院內感染有呼吸道合胞病毒和副流感病毒所致的呼吸道感染、流感、風疹、病毒性肝炎等。新生兒對鼻病毒zui易感，柯薩奇病毒B可引起新生兒感染并形成流行。由輪狀病毒和諾瓦克因子所致的腹瀉多發生于嬰兒和老年人。單純皰疹病毒、巨細胞病毒和皰疹-水痘病毒皆可在醫院內形成流行。

 

　　（四）其他 沙眼衣原體所致的結膜炎和肺炎見于新生兒。尿支原體和Gardnarella vaginalis可寄殖于腎移植病人，后者也易感染肺孢子蟲和弓形體。輸血時可傳播瘧疾等。阿米巴原蟲、犬弓首蛔蟲和糞類圓線蟲感染常見于精神病病人或智能低下兒童。類圓線蟲也可借器官移植而散播。